Hola de nuevo,
perdona que no te lo haya explicado mejor. En el archivo custom.js sustituye el código desde la línea 6 hasta la 23 por este:
jQuery('.animate').waypoint(function() {
var animation = jQuery(this).attr("data-animate");
jQuery(this).addClass(animation);
jQuery(this).addClass('animated');
}, { offset: '80%' });
Y en el archivo index.html tienes que eliminar la parte del preloader. Es decire, desde la línea 64 a la 74. El código a eliminar es el siguiente:
<section class="main">
<div id="loading-animation">
<ul class="bokeh">
<li></li>
<li></li>
<li></li>
<li></li>
<li></li>
</ul>
</div>
</section>
Saludos